پذیرش در رشته‌های علوم پزشکی مقطع دکترای دانشگاه آزاد اسلامی از طریق مرکز سنجش آموزش پزشکی وزارت بهداشت صورت خواهد گرفت.بنا بر اعلام مرکز سنجش و پذیرش دانشگاه آزاد اسلامی، این دانشگاه در رشته‌های علوم پزشکی مقطع دکتری در سال 96 به شرح ذیل دانشجو می‌پذیرد:
مهندسی بافت، پرستاری، اقتصاد و مدیریت دارو، فارماکولوژی، سم شناسی، نانو فناوری پزشکی، داروسازی سنتی، مدیریت خدمات بهداشتی درمانی.
لازم به ذکر است آزمون و پذیرش رشته‌های مذکور با عنایت به مصوبه شورای سنجش و پذیرش دانشجو در دوره‌های تحصیلات تکمیلی از طریق مرکز سنجش آموزش پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی صورت می‌گیرد.